Studije trećeg stepena – doktorske akademske studije traju tri školske godine, ( 180 ESPB ) i osposobljavaju studenta za:

• kompetentno izvođenje samostalnog naučno-istraživačkog rada i studija u odgovarajućoj oblasti
• kritičku analizu naučne i medicinske literature, definisanje naučnih problema i njihovo rešavanje, pisanje naučnog projekta, organizovanje rada istraživačke  grupe i rukovođenje naučnim projektom, kao i prezentaciju naučnih rezultata na naučnim skupovima i u naučnim časopisima
• nastavak karijere na univerzitetima, istraživačkim institutima i drugim specijalizovanim ustanovama koje u svojim programima imaju potrebu za sprovođenjem i primenom rezultata različitih tipova istraživanja

Nastava se realizuje kao redovna i obavezna i student je obavezan da redovno prisustvuje nastavi uz aktivno učešće. Student može da odsustvuje opravdano sa nastave najviše 10% od ukupnog fonda časova.

U prvom semestru izvodi se nastava iz obaveznih predmeta:

1. Metodologija NIR-a ( 5 ESPB)

• Uvod u naučni rad;
• Napisati, objaviti, prezentovati i vrednovati naučno delo;
• Informatika za istraživače u oblasti medicinskih nauka;
• Izborni predmet ( od 3 izborna predmeta student sluša 1 predmet od značaja za modul koji je upisao):

1. Epidemiološka istraživanja u medicini (slušaju studenti smera: Epidemiologija, Javno zdravlje i Ekološki i nutritivni faktori i zdravlje);

2. Eksperimentalna metodologija naučnog istraživanja – dobra laboratorijska praksa (slušaju studenti smera: Molekularna medicina, Neuronauke, Fiziološke nauke i Biologija skeleta);

3. Klinička istraživanja u medicini (slušaju studenti smera: Endokrinologija, Kardiologija, Neurologija, Nefrologija, Pulmologija, Radiologija i nuklearna medicina, Rekonstruktivna hirurgija, Humana reprodukcija, perinatologija i neonatologija, Primenjena istraživanja u medicini sporta i motornim veštinama, Zapaljenje i autoimunost i Istraživanja u rehabilitaciji);

Studenti smera Medicinska farmakologija, Biologija tumora i oksidativna oboljenja i Mikrobi i infekcija biraju jedan od navedena tri predmeta po sopstvenom izboru, a studenti smera Biomedicinska informatika biraju epidemiološka ili klinička istraživanja.

2. Statistika za istraživače u oblasti medicinskih nauka ( 4 ESPB);

3. Istraživačka etika (1 ESPB)

U drugom semestru izvodi se nastava iz obaveznih predmeta u skladu sa programom modula koji je student upisao.

U trećem semestru izvodi se nastava iz izbornog predmeta (od većeg broja ponuđenih izbornih predmeta student sluša 1 predmet po sopstvenom izboru); Izbor predmeta koji će student slušati vrši se na odgovarajućoj Katedri. Svaki predmet završava se polaganjem ispita, čime student stiče bodove predviđene za taj predmet.

Četvrti, peti i šesti semestar predviđeni su za bavljenje naučnoistraživačkim radom.

U okviru svakog predmeta nastava se izvodi kroz predavanja, vežbe i seminare. U prvom semestru nastava se uglavnom izvodi u popodnevnim časovima, a u drugom i trećem semestru pojedini programi studija realizuju se pre podne.

Ispiti iz predmeta koji se slušaju u prvom semestru obavezno se polažu pre pristupanja polaganju ispita iz predmeta koji se slušaju u drugom semestru.

Ispiti iz predmeta koji se slušaju u drugom i trećem semestru po odslušanoj nastavi i dobijenim potpisima, polažu se kod rukovodioca predmeta.

Temu doktorske disertacije student prijavljuje Programskom savetu doktorskih studija nakon ostvarenih 30 ESPB  (Uputstvo i upitnik za prijavu teme i mentora nalazi se na sajtu Fakulteta).

Doktorska disertacija javno se brani pred Komisijom koju imenuje Nastavno-nučno veće po propisanoj proceduri.

Školska godina traje od 01.oktobra do 30.septembra. Overa se vrši po godini, a ne po semestru.

U vreme zimskog i letnjeg raspusta nema održavanja ispita ni javnih odbrana.

Doktorske akademske studije se završavaju najduže u dvostrukom broju školskih godina potrebnih za njihovu realizaciju ( šest godina studijski programi sa 180 ESPB, odnosno osam godina studijski programi sa 240 ESPB). Ukoliko student ne završi sve obaveze predviđene planom i programom doktorskih studija u roku od tri školske godine, u narednoj školskoj godini obnavlja upis uz plaćanje troškova obnove godine, kako bi imao pravo završavanja studija i zadržao status studenta do odbrane doktorske disertacije.